某省级人民政府直接管理的化工厂已取得排污许可证，并缴纳了排污费。但当地环保局检测发现，该化工厂所排污水中多项污染物指标超出了省级水污染物排放标准。根据《环境保护法》的规定，下列哪些选项是正确的？（）

解析：《环境保护法》第10条规定，凡是向已有地方污染物排放标准的区域排放污染物的，应当执行地方污染物排放标准。根据上述规定，A项错误，不符合题意。
《环境保护法》第41条规定，造成环境污染危害的，有责任排除危害，并对直接受到损害的单位或者个人赔偿损失。依据此条规定，不论是否取得排污许可证，并缴纳了排污费，只要对环境造成了污染危害，就有责任排除危害，故B项错误，不符合题意。
《环境保护法》第38条规定，对违反本法规定，造成环境污染事故的企业事业单位，由环境保护行政主管部门或者其他依照法律规定行使环境监督管理权的部门根据所造成的危害后果处以罚款;情节较重的，对有关责任人员由其所在单位或者政府主管机关给予行政处分。依据该规定，C选项正确。
《环境保护法》第39条规定，前款规定的罚款由环境保护行政主管部门决定。责令停业、关闭，由作出限期治理决定的人民政府决定;责令中央直接管辖的企业事业单位停业、关闭，须报国务院批准。根据本条可知，责令企业事业单位停业、关闭的决定权由作出限期治理决定的人民政府享有。故D选项不正确